Пример структуры проекта:

• core/
  • Core.js
• utils/
  • Utils.js
• app.js — ожидаем получить в результате сборки
• build.js — конфиг для сборки
• index.html
• main.js — основной конфиг для запуска
• require.js

Файл для сборки:

build.js

( {
    baseUrl: ".",
    name: "main", // main.js
    out: "app.js"
} )

Основной конфиг:

main.js

requirejs.config( {
    baseUrl: '/prefix'
} );
 
requirejs(
    [
        'core/Core',
        'utils/Utils'
    ],
    function() {}
);

Сборка делается из каталога с проектом. Возможно потребуется указать полный путь до сборщика r.js.

$ nodejs r.js -o build.js

После сборки основной конфиг должен будет выглядеть следующим образом:

main.js

requirejs.config( {
    baseUrl: '/prefix'
} );
 
requirejs( ['app'], function() {} );

Пример полного конфига для отдельной загрузки файлов или уже собранной версии:

main.js

requirejs.config( {
    baseUrl: '/prefix'
} );
 
/*
 * Загрузка всех файлов по отдельности:
 */
 
requirejs(
    [
        'core/Core',
        'utils/Utils'
    ],
    function() {}
);
 
/*
 * Сборка всего проекта в один файл:
 *
 * nodejs r.js -o build.js
 *
 * Необходимо выполнять из каталога с проектом. До r.js возможно потребуется указать полный
 * путь.
 *
 * При удачной сборке появляется файл 'app.js'.
 */
 
// requirejs( ['app'], function() {} );